废水处理亲和沉淀是分离过程的一部分，但是其沉淀原理与通常的沉淀方法有很大的不同。它是利用蛋白质与特定的生物的或合成的分子(免疫配位体、基质、辅酶等)之间高度专一的相互作用而设计出来的一种特殊选择性的分离技术，所以其沉淀原理不是依据蛋白质溶解度的差异，而是依据“吸附”有特殊蛋白质的聚合物的溶解度的大小。亲和过程提供了一个从复杂混合物中分离提取出单一产品的有效方法。
这个技术包含有三个步骤：①在初始阶段，将一个目标蛋白质与键合在可溶性载体上的亲和配位体络合形成沉淀；②所得沉淀物用一种适当的缓冲溶液进行洗涤，洗去可能存在的杂质；③用一种适当的试剂将目标蛋白质从配位体中离解出来。
配位体可以是均相双功能的，也可以是非均相双功能的。均相双功能配位体有两个相同的亲和配基联结在一个可溶性载体上并用于沉淀多一亚单位蛋白质(或蛋白质单体用不只一个偶联点的配位体)。例如每个蛋白质分子能结合不只一个配位体，每个配位体能结合至少两个蛋白质分子并形成一个三维结构，这种配位体的型式如用Cibacron蓝F3G—A三嗪染料衍生物来沉淀NAD相关的脱氢酶[1川。另一个例子是用在表面上的金属配位残基来沉淀蛋白质，将亚氨基二醋酸螯合的Cu(Ⅱ)复合体，固定到一个可溶性的聚乙二醇分子上并用于沉淀血红球蛋白。
